У Сектору за материјално-финансијске послове обављају се материјално-финансијски послови за потребе Секретаријата и с њима повезани студијско-аналитички, документациони и статистичко-евиденциони послови из области високог образовања, студентског стандарда, науке и научноистраживачке делатности, као и технолошког развоја и иновационе делатности у АП Војводини. У Сектору се обављају и материјално-финансијски послови за потребе свих буџетских корисника Секретаријата.
Материјално-финансијски послови обухватају израду финансијског плана Секретаријата, измене финансијског плана и преусмеравање апропријација; израду кварталних планова и извештаја о извршењу финансијских планова Секретаријата; изрaду зaхтeвa зa прeузимaњe oбaвeзa, зaхтeвa зa плaћaњe; кoрeкциje пo oснoву пoврaћaјa срeдстaвa и пo oснoву oдoбрeних рeзeрвисaних срeдстaвa; кoрeкциje књижeњa уплaтa; изрaдa рeшeњa вeзaнo зa зaхтeвe зa плaћaњe; пoслoви приjeмa и oбрaдe рaчунoвoдствeних испрaвa и пoднeтих зaхтeвa зa плaћaњe; изрaдa oбрaчунa (угoвoри o дeлу и други угoвoри, сoлидaрнe пoмoћи, oтпрeмнинe и сл.), oбрaчун днeвницa зa службeнa путoвaњa и други обрачуни за плаћање; планирање и анализа финансирања и суфинансирања пројектних активности, иновационе делатности, као и установа у области високог образовања, студентског стандарда и науке; извршење финансијских обавеза Секретаријата односно спровођење поступака доделе буџетских средстава крајњим корисницима; послови из области јавних набавки за потребе Секретаријата; праћење стања и промена на обавезама и изворима финансирања.
У Сектору је организован рад на интерној контроли наменског коришћења буџетских средстава; вођење финансијског књиговодства у помоћним пословним књигама и евиденцијама и њихово усклађивање са главном књигом трезора; попис имовине, потраживања и обавеза Секретаријата.
Остваривање сарадње са републичким органима, органима покрајинске управе и органима јединица локалне самоуправе и други послови од значаја за рад и вршење надлежности Секретаријата у области материјалано-финансијских послова су, исто тако, значајни послови који се у Сектору обављају.