U Sektoru za materijalno-finansijske poslove obavljaju se materijalno-finansijski poslovi za potrebe Sekretarijata i s njima povezani studijsko-analitički, dokumentacioni i statističko-evidencioni poslovi iz oblasti visokog obrazovanja, studentskog standarda, nauke i naučnoistraživačke delatnosti, kao i tehnološkog razvoja i inovacione delatnosti u AP Vojvodini. U Sektoru se obavljaju i materijalno-finansijski poslovi za potrebe svih budžetskih korisnika Sekretarijata.
Materijalno-finansijski poslovi obuhvataju izradu finansijskog plana Sekretarijata, izmene finansijskog plana i preusmeravanje aproprijacija; izradu kvartalnih planova i izveštaja o izvršenju finansijskih planova Sekretarijata; izradu zahteva za preuzimanje obaveza, zahteva za plaćanje; korekcije po osnovu povraćaja sredstava i po osnovu odobrenih rezervisanih sredstava; korekcije knjiženja uplata; izrada rešenja vezano za zahteve za plaćanje; poslovi prijema i obrade računovodstvenih isprava i podnetih zahteva za plaćanje; izrada obračuna (ugovori o delu i drugi ugovori, solidarne pomoći, otpremnine i sl.), obračun dnevnica za službena putovanja i drugi obračuni za plaćanje; planiranje i analiza finansiranja i sufinansiranja projektnih aktivnosti, inovacione delatnosti, kao i ustanova u oblasti visokog obrazovanja, studentskog standarda i nauke; izvršenje finansijskih obaveza Sekretarijata odnosno sprovođenje postupaka dodele budžetskih sredstava krajnjim korisnicima; poslovi iz oblasti javnih nabavki za potrebe Sekretarijata; praćenje stanja i promena na obavezama i izvorima finansiranja.
U Sektoru je organizovan rad na internoj kontroli namenskog korišćenja budžetskih sredstava; vođenje finansijskog knjigovodstva u pomoćnim poslovnim knjigama i evidencijama i njihovo usklađivanje sa glavnom knjigom trezora; popis imovine, potraživanja i obaveza Sekretarijata.
Ostvarivanje saradnje sa republičkim organima, organima pokrajinske uprave i organima jedinica lokalne samouprave i drugi poslovi od značaja za rad i vršenje nadležnosti Sekretarijata u oblasti materijalano-finansijskih poslova su, isto tako, značajni poslovi koji se u Sektoru obavljaju.