У Сектору за финансијске послове обављају материјално-финансијски послови за потребе Секретаријата и са њима повезани студијско-аналитички, документациони и статистичко-евиденциони послови, који се односе на: израду предлога буџета Секретаријата, годишњег финансијског плана Секретаријата, кварталних планова и извештаја о извршењу финансијских планова Секретаријата; инвестиционо и текуће одржавање установа у области високог образовања на територији Покрајине, односно израду планова инвестиционог и текућег одржавања установа у области високог образовања и реализацију тих планова; планирање и анализу финансирања установа у области високог образовања и учествовање у изради финансијских извештаја о финансирању установа у области високог образовања; извршење финансијских обавеза Секретаријата односно спровођење поступака доделе буџетских средстава крајњим корисницима; послови из области јавних набавки за потребе Секретаријата; учествовање у изради финансијских планова и извештаја о финансирању индиректних корисника у области високог образовања; организовање интерне контроле наменског коришћења буџетских средстава; организовање контроле наменског коришћења буџетских средстава од стране крајњих корисника; остваривање сарадње са републичким органима, органима покрајинске управе и органима јединица локалне самоуправе.
У оквиру овог Сектора реализују се послови праћења и реализације активности у вези са погонима за примену нових технологија, праћење стања, вођење робне евиденције потраживања по основу закључених уговора, те све послове везане за складиштење и дистрибуцију робе до крајњих корисника.