U Sektoru za finansijske poslove obavljaju materijalno-finansijski poslovi za potrebe Sekretarijata i sa njima povezani studijsko-analitički, dokumentacioni i statističko-evidencioni poslovi, koji se odnose na: izradu predloga budžeta Sekretarijata, godišnjeg finansijskog plana Sekretarijata, kvartalnih planova i izveštaja o izvršenju finansijskih planova Sekretarijata; investiciono i tekuće održavanje ustanova u oblasti visokog obrazovanja na teritoriji Pokrajine, odnosno izradu planova investicionog i tekućeg održavanja ustanova u oblasti visokog obrazovanja i realizaciju tih planova; planiranje i analizu finansiranja ustanova u oblasti visokog obrazovanja i učestvovanje u izradi finansijskih izveštaja o finansiranju ustanova u oblasti visokog obrazovanja; izvršenje finansijskih obaveza Sekretarijata odnosno sprovođenje postupaka dodele budžetskih sredstava krajnjim korisnicima; poslovi iz oblasti javnih nabavki za potrebe Sekretarijata; učestvovanje u izradi finansijskih planova i izveštaja o finansiranju indirektnih korisnika u oblasti visokog obrazovanja; organizovanje interne kontrole namenskog korišćenja budžetskih sredstava; organizovanje kontrole namenskog korišćenja budžetskih sredstava od strane krajnjih korisnika; ostvarivanje saradnje sa republičkim organima, organima pokrajinske uprave i organima jedinica lokalne samouprave.
U okviru ovog Sektora realizuju se poslovi praćenja i realizacije aktivnosti u vezi sa pogonima za primenu novih tehnologija, praćenje stanja, vođenje robne evidencije potraživanja po osnovu zaključenih ugovora, te sve poslove vezane za skladištenje i distribuciju robe do krajnjih korisnika.